【科研领域】
从事病原微生物群体基因组学、病原菌耐药机制及适应性进化机制相关研究。结合群体遗传学、微生物学及感染免疫研究，探讨病原菌的起源、传播、致病及耐药性等重要临床问题，促进对病原菌的预防、诊断和合理用药。相关成果在 PNAS，Nature Genetics，Nature communications, Lancet Infectious Disease，J Antimicrob Chemother 等国际一流期刊发表。
【研究方向】
1. 病原微生物群体基因组学（Population Genomics）、基因组流行病学（Genomic Epidemiology)
2. 病原菌耐药（Resistance）、耐受（Tolerance）机制
3. 病原菌宿主适应性进化（Adaptive Evolution）及感染免疫（Anti-infection Immunity）机制
【科研项目】
1. 国家自然科学基金面上项目，thyX启动子突变介导对氨基水杨酸耐药结核分枝杆菌的适应度补偿及其机制研究，2021.1-2024.12，69.6万，主持
2. 四川省高校重点实验室研究基金（重点项目），结核分枝杆菌利福平耐药补偿新机制研究，2020.1-2023.12，10万，在研，主持
3. 四川省科技厅面上项目，结核分枝杆菌“北京家族”菌株高耐药性的遗传机制研究(面上)，2018.01-2020.12，10万，结题，主持
4. 国家自然科学基金（重大研究计划）子项目，结核分枝杆菌优势亚型的高致病性进化机制研究，2017.01-2019.12，35万（总240万），结题，子项目负责人
5. 中国博士后科学基金特别资助项目，我国结核分枝杆菌优势菌株的微进化与致病性研究，15万，2014-2016，已结题
6. 国家自然科学基金（青年基金项目），耐药结核分枝杆菌补偿性进化新机制的研究，25万，2014-2016，已结题
【代表性论文】(*共同第一作者；#共同通讯作者)
1. Luo T*#, Xu P*, Zhang Y, Porter JL, Ghanem M, Liu Q, Jiang Y, Li J, Miao Q, Hu B, Howden BP, Fyfe JAM, Globan M, He W, He P, Wang Y, Liu H, Takiff HE, Zhao Y, Chen X, Pan Q, Behr MA, Stinear TP, Gao Q. Population genomics provides insights into the evolution and adaptation to humans of the waterborne pathogen Mycobacterium kansasii. Nat Commun. 2021;12(1):2491.
2. Luo T*, Yuan J*, Peng X, Yang G, Mi Y, Sun C, Wang C, Zhang C, Bao L. Double mutation in DNA gyrase confers moxifloxacin resistance and decreased fitness of Mycobacterium smegmatis. J Antimicrob Chemother, 2017. 72:1893-1900.
3. Luo T, Comas I, Luo D, Lu B, Wu J, Wei L, Yang C, Liu Q, Gan M, Sun G, Shen X, Liu F, Gagneux S, Mei J, Lan R, Wan K, Gao Q. Southern East Asian origin and coexpansion of Mycobacterium tuberculosis Beijing family with Han Chinese. Proc Natl Acad Sci U S A, 2015. 112:8136-8141.
4. Wang H, Wang Y, Yong G, Li X, Yu L, Ma S, Luo T. Emergence and genomic characterization of the ceftriaxone-resistant Neisseria gonorrhoeae FC428 clone in Chengdu, China. J Antimicrob Chemother. 2020 Sep 1;75(9):2495-2498.
5. Ma P*, Luo T*, Ge L, Chen Z, Wang X, Zhao R, Liao W, Bao L. Compensatory effects of M. tuberculosis rpoB mutations outside the rifampicin resistance-determining region. Emerg Microbes Infect. 2021 Dec;10(1):743-752.
6. Yang C*, Luo T*, Shen X*, Wu J, Gan M, Xu P, Wu Z, Lin S, Tian J, Liu Q, Yuan Z, Mei J, DeRiemer K, Gao Q. Transmission of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis in Shanghai, China: a retrospective observational study using whole-genome sequencing and epidemiological investigation. Lancet Infect Dis, 2017. 17:275-284.
7. Gan M, Liu Q, Yang C, Gao Q#, Luo T#. Deep Whole-Genome Sequencing to Detect Mixed Infection of Mycobacterium tuberculosis. PLoS One, 2016. 11:e0159029.
8. Liu Q*, Luo T*, Dong X, Sun G, Liu Z, Gan M, Wu J, Shen X, Gao Q. Genetic features of Mycobacterium tuberculosis modern Beijing sublineage. Emerg Microbes Infect, 2016. 5:e14.
9. Luo T*, Yang C*, Peng Y, Lu L, Sun G, Wu J, Jin X, Hong J, Li F, Mei J, DeRiemer K, Gao Q. Whole-genome sequencing to detect recent transmission of Mycobacterium tuberculosis in settings with a high burden of tuberculosis. Tuberculosis (Edinb), 2014. 94:434-440.
10. Comas I, Coscolla M*, Luo T*, Borrell S, Holt KE, Kato-Maeda M, Parkhill J, Malla B, Berg S, Thwaites G, Yeboah-Manu D, Bothamley G, Mei J, Wei L, Bentley S, Harris SR, Niemann S, Diel R, Aseffa A, Gao Q, Young D, Gagneux S. Out-of-Africa migration and Neolithic coexpansion of Mycobacterium tuberculosis with modern humans. Nat Genet, 2013. 45:1176-1182 （共同第二作者）.
